虽然小笠原长时在村井城外接连讨取了岩崎胜秀、栗原正清和今井虎意三名武田家一门重臣，但是好景不长，紧随而来的武田晴信随即亲自调动麾下的旗本众、足轻众对小笠原军发起猛攻。

小笠原长时由于麾下兵力寡少，逐渐处于不利的局面。不仅如此，小笠原长时麾下的猛将草间肥前守、泉石见守等人也先后被武田军所讨取。

而泉石见守是小笠原家中最擅长弓术的家臣，名气颇盛。随着他的阵亡，小笠原军瞬间士气跌落谷底，很快便被武田军击溃了。小笠原长时在损兵折将后自知不敌武田军，只好放弃村井城，直接逃到其本据林城，固守待援。

小笠原军在盐尻岭、村井城之战的相继战败、损兵折将，使得筑摩郡的濑黑城、浅间城、塔原城、青柳城、万西城、岛立城、西卷城、桐原城、大城等地的守将不是望风降服武田，就是弃城而逃。这就使得身在林城的小笠原长时处境更加岌岌可危起来。

最后，小笠原长时见大势已去，经过再三权衡之下，决定暂时放弃自己的本据林城，前往家臣二木重高位于安昙郡的中塔城中洞城以此来躲避武田军的兵锋，从长计议。而中塔城是位于山谷之中，易守难攻，城内的粮草辎重也可撑数年之久，完全可以坚守待变。

随后，武田晴信便率军进入了空无一人的林城。为了不让小笠原长时再次重返林城，从而根绝后患，武田晴信便下令将此城拆除。同时，武田晴信还将林城不远处西北方的深志城进行大规模的普请改修，意图将此城作为武田家在信浓中部地区的一大重镇。至此，东筑摩郡大部分也落入了武田晴信手中。

之后，小笠原家家臣们见小笠原长时放弃本据林城而逃往中塔城之后，便纷纷开始自谋出路起来：重臣三村入道投降并出仕武田家会田幸久逃往武藏，出仕太田资正赤泽经智逃往越后，出仕越后上杉家

就在武田晴信在大举攻入小笠原领的同时，小山田信有也在武田晴信的安排下，也在积极开展北信浓攻略，攻打隶属于村上义清的田口城城主田口良能。而与之相对的村上义清也纠合了不愿从属武田晴信的佐久郡诸将，对被武田军围攻的田口城展开救援，意图将小山田信有所部的退路和粮道截断。

身在深志城的武田晴信得知了这一消息后，立即亲自率军翻越蓼科山前去救援小山田信有部，途中不做任何休整。在与小山田信有部进行合流之后，武田晴信随即于夜间对毫无防备的村上军发起了突袭。

武田晴信先是派遣麾下足轻大将四天王中的横田高松和小幡虎盛二人率五百余军势截断村上军的退路，并且讨取村上军在外围负责警戒的游军一百余人。随后，武田晴信亲率一万大军猛攻田口城，一战破之，将城主田口良能讨取。…

村上军经过此战败后，军心沮丧，村上家重臣清野清秀便向村上义清进言退兵返回小县郡重整旗鼓。而武田晴信却果断抓住战机，令原虎胤足轻大将四天王之一、多田满赖足轻大将四天王之一、下曽根昌利足轻大将等将率五百余军势蹑村上军背后而击之，自己则是率大军在之后跟进。

准备撤退返回小县郡的村上军在遭到武田军突袭后措不及防而溃败，在混乱之中被武田军讨取达到了三千余人，伏尸十余里。村上家被俘获的足轻、杂兵、领民更是无数，隶属于村上家的武石信广、横尾采女正、福田美作守等东信浓诸将皆先后被武田军所讨取。

武田晴信随后趁着己方大胜之际，连克先前被村上义清所夺走的前山城、岩尾城、今井城等十余座城池兵砦。之后武田军更是长驱直入，攻入村上家所领有的小县郡境内，兵临砥石城户石城城下。

此战可谓是彻底洗刷了武田晴信在上田原之战中惨败的耻辱，但是这次田口城之战武田晴信在自己的人生之中第二次惨败给村上义清。