杨鹤自任三边总督以来，对流寇采用招抚之策，利用朝廷给他的区区十万两白银招抚了神一魁，王左桂，王嘉胤，等绝大部分流寇。

如果朝廷处置得当，也许流寇便会消失，因为后来大名顶顶的李自成是王左桂的部下，而张献忠是王嘉胤的部下。

然而好景不长，十万两白银迅速就被花光，几个月后，神一魁就又造起了大明王朝的反，各地流民积极响应，达三十多万人之多，崇祯四年杨鹤便被朝廷以招抚失策治罪，发配袁州。

之后，农民起义军更加的活跃起来，抢大户，杀知府。朝廷便以主剿的洪承畴接任杨鹤的工作。

崇祯四年十月，洪承畴接任三边总督，面对在西北各地数十万，数十万流窜的起义军，洪承畴没有一点畏惧，他认为起义军人数虽多，但妇孺老幼皆在其中，精壮者不足十之一二，并对部下说道：“击其首，便可大破之。”

在三边总督洪承畴大力攻杀之下，流寇大多流向山西，后又被曹文诏等极力攻杀，其中神一魁等流寇首领，大多被杀。

其残部在王嘉胤部将王自用的号召下纠集在一起，商讨何去何从，共有三十六支部队参与了大会，称三十六营，营号千奇百怪，比如，紫金梁王自用，闯王高迎祥，大王张献忠，闯将李自成，曹操罗汝才，闯塌天刘国能等。

崇祯六年二月，曹文诏被任命为太原总兵，对流寇极力剿杀，只有三千骑兵的曹文诏攻击相当猛烈，五月“贼几消尽”，各营流寇“文昭皆击败”。之后流寇向河北，河南逃窜，曹文诏追杀而去。紫金梁王自用病死，三十六营联盟瓦解。

此时陕西有洪疯子洪承畴，山西有杀人魔王曹文诏，六月流寇逃遁于河南。来到河南的流寇们又被左良玉追着东奔西跑，九月流寇逃遁之河南武安。

崇祯亲自调派，山西总兵曹文诏，京营总兵王朴总兵汤九州及左良玉部于九月底合围武安，形势一片大好。

但崇祯为了防备满清的进攻，调曹文诏为大同总兵，形势出现了逆转。

十一月份，流寇们经过了多次突围，均告失败，流寇们便向王朴行贿，要求投降。王朴接受了贿赂于十一月十日，招降各部流寇。二十四日，复反，仅仅过了四天。

左良玉一路穷追猛打，高迎祥，李自成等逃往湖广的郧阳。之后流寇又如星星之火，起了燎原之势。

由于各地总督，巡抚，总兵只管自己辖区内的流寇，致使流寇流窜各省，崇祯七年正月，设五省总督一职，总督山西，陕西，河南，湖广，四川五省剿寇事宜，二月陈奇瑜上任五省总督一职。

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