奥日与黑暗森林讲诉了一个童话般唯美而悲伤的故事。灵魂树守护着黑暗森林，灵魂树有许多孩子，它们是精灵。在一场风暴中，灵魂树刚刚诞生的孩子奥日因为一次风暴，吹到森林外围，被一只充满母性的黑色生物纳鲁捡到。

纳鲁与奥日一起快乐地生活了好几年，自然也让奥日沾染了快乐与悲伤的情感而这些都是精灵本不应该拥有的。

而这时候，灵魂树为了召回奥日，不得已发动了“光之祭祀”，光明照亮了整个黑夜，却在无意中杀死了黑暗生物大黑鸟黑子的三个孩子，只剩下了一颗尚未孵化的蛋。

被复仇的情感填满了心头的黑子，夺走了灵魂树的至宝“赛安”，使灵魂树失去了保护黑暗森林的能力，水、火、风三个元素的平衡被打破，黑暗森林濒临毁灭。

也因为森林的枯萎，导致纳鲁被饿死，奥日变得消沉并且一蹶不振，最后还丢掉了生命。

直到此时灵魂树才终于找到了奥日，并且用尽最后的魔力复活了它。

奥日知道了自己的使命，于是去寻找丢失的三个元素，恢复森林的生机。

在经过重重苦难，也就是游戏中的大部分流程之后，故事终于迎来了尾声

奥日终于相继恢复了三个元素，却在这时，森林突然开始燃起了熊熊大火。

此时纳鲁被奥日的伙伴用魔法道具复活了，复活后的纳鲁一心想要再见到奥日，于是在伙伴的带领下外出寻找奥日。

另一方面，奥日在将“赛安”交还给灵魂树，想要阻止大火蔓延的时候，却被黑子抓住了，无法平息的大火逐渐破坏森林。

在黑子的阻挠下奥日不仅无法让灵魂树重新获得力量，自己也处于危在旦夕的危险处境之中。

恰好在最后一刻，纳鲁赶到了。

但是平凡的纳鲁没有能力，它无法阻止可怕的怪物黑子，也无法阻止大火，却依然毫不犹豫，不计后果地冲到奥日身边保护它。

因为奥日是它最珍贵的宝物，它如亲子般将奥日抚养长大。

即使它们两个绝对不是同一个种族，亲情的血却早已浓于同族之血，就算面对着这无法阻止的燎原大火，纳鲁也要紧紧地保护住自己的孩子，心中也只有这么一个想法

就算是死也要保护好奥日！

黑子被这一幕感动了，让它想起了自己的孩子，想起了自己还有一颗尚未孵化的蛋。

于是它从复仇的狂热中惊醒，为了阻止大火，保护自己唯一的希望，黑子亲自将赛安交还给了灵魂树，自己却被灵魂树的光芒燃烧殆尽。

灵魂树复活了，黑暗森林也得以重新变得生机勃勃，此时故事迎来结尾。

纳鲁带着奥日和他的伙伴继续快乐地生活在一起，黑子最后的蛋也在它们的家中，而黑子的孩子即将破壳而出。

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