回去后在言峰绮礼的房间与其交谈，引诱他发现自己远离人道的那份感性，去寻找真正的愉悦。

当三位从者联手对战吉尔德雷召唤的大海魔时，与远坂时臣乘坐宝具“维摩那”在空中观战。因时臣想请求使用“乖离剑a”消灭大海魔的无礼举动恼怒。之后迎战夺取15战斗机并变为宝具的erserker，两人在空中进行激战，最后遭到对方突然袭击而被击落。降到桥上后使用王之财宝将准备攻击的阿尔托莉雅的兰斯洛特打飞。

看到aber使用宝具“誓约胜利之剑”的光辉，回忆起自己和友人最后交谈的话语。之后和言峰绮礼密谋将远坂时臣杀害，言峰成为新主人。

最终决战时，在大桥上与伊斯坎达尔相遇。使用自己的最强的攻击手段“开天辟地乖离之星”击溃了ier的“王之军势”，在其策马冲锋时使用“天之锁”将对方缚住并杀死。来到舞台中庭圣杯前向疲惫不堪的阿尔托莉雅求婚，遭其拒绝。闪过了对方毁灭圣杯的攻击，但自己也被卷入黑泥之中。

在圣杯内部与黑泥交流，由于强烈的自我而幸免精神污染。并且在黑泥否定的诅咒中承认了罪恶的存在，面对黑泥一系列关于罪恶的提问，吉尔伽美什用“王来承认，王来允许。王来背负整个世界。”这一回答使黑泥陷入自我矛盾。

之后通过黑泥得到了新的肉身，在这个世界上生活了下去。

第五次圣杯战争开始前，曾在间桐樱家附近活动，知道其正被黑圣杯沾染，于是忠告她“现在赶快去死还不晚”。这对于他来说最大的慈悲，所以并不是憎恶的话语。之后便悄悄关注参与圣杯战争各方的动向。

作为阿尔托莉雅潘德拉贡的追求者，在aber与美狄亚的对战中帮助aber杀死了aser。之后对aber求婚却遭拒绝。在进行了第一场战斗后重伤了aber。后来aber从卫宫士郎的身体里取回了作为圣遗物传承下来的宝具“遥远的理想乡”，利用智慧和宝具的力量打败了慢心的吉尔伽美什。

在言峰绮礼的提议下协助间桐慎二。之后与慎二一起进入爱因兹贝伦城堡，击败了赫拉克勒斯，掏出伊莉雅丝菲尔冯爱因兹贝伦的心脏作为圣杯的核。

之后吉尔伽美什把间桐慎二作为圣杯的核心。其夺取圣杯的最终目的是制造一些艰难困苦作为人类的道标，让他们察觉自己还有选择的余地。

卫宫士郎为了阻止吉尔伽美什借助圣杯的力量消灭现世无用的人类并引起人类惊醒的意图，与他进行了决战。在士郎开启的无限剑制里，吉尔伽美什发动“王之财宝”对其进行攻击，却被士郎用投影的武器挡下。同时处于暗处的卫宫在关键时刻开启的“炽天覆七重圆环”也帮助了抵挡了吉尔伽美什的进攻。士郎凭借着自己近身战的优势，以及吉尔伽美什的大意和慢心，砍断了吉尔伽美什的右手。这场战斗以吉尔伽美什的失败告终。

另一方面由于远坂凛救出了间桐慎二，流满黑泥的圣杯便欲将吉尔伽美什作为魔力吸收。吉尔伽美什用天之锁捆住卫宫士郎，想借此挣脱出黑泥的漩涡。最后rher在暗中发出的一箭正中吉尔伽美什的眉心，将其射入黑泥当中。

由于看不惯被圣杯污染而黑化的间桐樱对人类的杀戮行为，在某个夜晚与之进行战斗。因为大意和相性，最后被间桐樱偷袭并吞噬。

第五次圣杯战争发生的半年后，由于安哥拉曼纽回应了巴泽特弗拉加马克雷密斯“不想死”的愿望，两人缔结契约，并且制造出了“循环的四日”，即虚假的“第五次圣杯战争”。而enger则作为第五次圣杯战争的胜利者卫宫士郎观察着这个世界。吉尔伽美什同其他的英灵一起重新在这个世界继续存在着。

在月之圣杯战争第五战结束后，被吸入月之里侧的岸波白野因自身的强大意志引起了吉尔伽美什的注意，作为契约的代价，岸波白野将三枚令咒全部给了这个连面都没见过的eran。

前期战斗中仅仅是将岸波白野当成一个颇有意思的观察对象，但在经历了幕间的无垢心理领域事件后，两人真正达到了相互信任的关系，并说出了“你的敌人便是我的敌人，从今往后就让我成为你的利剑！”的话语。

最终结局为岸波白野打败回到了月之表侧，而吉尔伽美什以宝库中九成财宝为代价从月之里侧脱离，来到月之表侧与之再度契约。在岸波白野获得月之圣杯战争的胜利，即将被圣杯分解之时，利用跳跃航法将白野带出nell，在新的世界开始旅程。

而樱线的结局中，则是在将白野送出月球之后，继续沉睡了下去……

在美利坚雪原市发生的、由大量虚假成分构筑而成的圣杯战争中，吉尔伽美什被某中落魔术家族当主用魔力钥匙作为触媒召唤。仪式完成后，魔术师对吉尔伽美什高傲的态度产生不满，正当其欲使用令咒时，长久居住在此地的一族族长蒂妮切尔克用魔法夺走了他带有令咒的右手，并在吉尔伽美什的同意下将其烧死。最终二人缔结契约。

年仅12岁的蒂妮告诉吉尔伽美什自己并不想追寻圣杯，而是想要将蹂躏自己家园的魔术师和圣杯战争一起清除出去。而吉尔伽美什则认为不能放任小人夺取自己的宝物圣杯，但在真正的对手出现之前不需要以认真的态度来对待这次的伪圣杯战争，于是便打算喝下返老还童药。然而此时aner恩奇都在这场圣杯战争的出现让吉尔伽美什意识到这场战斗有值得自己认真的价值，便将返老还童药赐予蒂妮，并告诉她“既然是小孩子就拿出小孩子的样子来。在还没理解万物之理的时候只需欣赏王的威仪便可。”

吉尔伽美什在雪原南部的沙漠地带与恩奇都相见，二人进行了一场席卷天地般的战斗。之后恩奇都为了赶回森林保护即将遭受袭击的aser，与吉尔伽美什做出再会的约定，不得不终止了当晚的战斗。但这场初战仍给其他在暗中观战的魔术师造成了巨大的震撼。

当然，朋友相见，不好好坐下来打对方几拳，怎么可以呢……

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